Naturstyrelsen overvåger miljøtilstanden i fjorde og havområder og har 8 miljøskibe, som med 1 til 2 ugers mellemrum sejler ud for at tage temperaturen på miljøtilstanden i fjorde og havet. På baggrund af de indsamlede data vurderes, om områderne kan leve op til de målsætninger, der bliver vedtaget i de kommende vandplaner og Natura 2000-planer.
De danske havområder er opstået efter sidste istid, og mangfoldigheden i havet og fjordene er tilpasset skiftende miljø. Det er fordi dyr og planter lever i et af verdens største brakvandsområder, som dækker store dele af de knap 106.000 km², der er dansk.
Saltholdigheden varierer, når Østersøen årligt sender 950 km³ ferskvand ud gennem de indre farvande. Den er kun 8 ‰ ved Bornholm, men omkring 30 ‰ ved Skagen. Afgørende er også, at en række levesteder ændres, idet havbunden som grunde, rev og kyster er under konstant forandring. Dette kombineret med en høj produktion i vandmasserne og i visse bundtyper gør, at vore have indeholder enestående naturværdier.
Beskyttelsen af havets biologiske mangfoldighed er en stor udfordring. Livet er opstået over millioner af år i oceanernes stabile miljø, som dækker omkring 70 % af jordens overflade. Men den intensive udnyttelse af havets ressourcer presser økosystemerne.