Sidst på foråret samler flagermus-hunnerne sig i kolonier. Flagermusene føder deres unger i ynglekolonierne.
Ynglekolonierne er ofte hule træer eller andre beskyttede og lune steder. Flagermus er ikke menneskesky, og huse - ofte moderne huse med udhæng - er også et yndet ynglested. Den øgede aktivitet og de hyppige flyvninger til og fra ungerne, gør at det ofte er om sommeren, husejere opdager, de har ubudne gæster.
Naturstyrelsens vildtkonsulenter modtager hver sommer mange henvendelser fra utrygge borgere, der ønsker at komme af med flagermus. Alle flagermus i Danmark er fredede, og på grund af ungerne kan de ikke fjernes når de har unger.
Flagermusungen er under den første flyveøvelse landet på havebordet. Lad den være i fred, hvis du rører ved den bliver den bange og vil bide fra sig.
Flagermusene vælger ofte at bo i huse på grund af deres beliggenhed nær områder med rigelig føde og på grund af husenes særlige muligheder som dagopholdssted.
Udover lidt svineri ned ad ydermur eller vinduer, dér hvor dyrene flyver ind og ud, gør flagermus sjældent skade, der hvor de bor i huse. De gnaver ikke i isolation eller træværk, sådan som mus og rotter gør det. De kan "putte" sig lidt i isolationen, men ellers opholder de sig blot i allerede eksisterende hulrum. Der kan dog være problemer med lugt, væggelus og brune skjolder, alt efter husets konstruktion og koloniens placering.
Man bør derfor acceptere at have flagermusene boende og glæde sig over at have naturen tæt på, nøjagtigt som man kan glæde sig over fuglene i haven. I august - september opløses ynglekolonierne, hvorefter flagermusene som regel forlader huset.